来源：中国疾病预防控制中心
洪涝灾害易引起饮用水水源污染，使灾区感染性腹泻、痢疾、伤寒、甲肝等水源性和食源性疾病暴发的风险增加。
一、水源污染
洪涝灾害使供水设施和污水排放条件遭到不同程度的破坏，如自来水厂、饮用水井、厕所、垃圾堆、禽畜棚舍被淹，井水和自来水水源泉污染严重。大量漂浮物及动物尸体留在水面，受高温、日照的作用后，腐败逸散恶臭。这些水源污染以生物性污染为主，主要反映在微生物指标的数量增加，饮用水安全性降低，易造成肠道传染病的暴发和流行。洪水还将地面的大量泥沙冲入水中，使水体感官性状差，浑浊，有悬浮物等。一些城乡工业发达地区的工业废水、废渣、农药及其他化学品未能及时搬运和处理，受淹后可导致局部水环境受到化学污染，或者个别地区储存有毒化学品的仓库被淹，化学品外泄造成较大范围的化学污染。
二、加强饮用水卫生措施
1.水源的选择与保护 应在洪水上游或内涝地区污染较少的水域选择饮用水水源取水点，并划出一定范围，严禁在此区域内排放粪便、污水与垃圾。有条件的地区宜在取水点设水码头，以便离岸边一定距离处取水。
2. 退水后水源的选择 无自来水的地区，尽可能利用井水为饮用水水源。水井应有井台、井栏、井盖，井的周围30m内禁止设有厕所、猪圈以及其他可能污染地下水的设施。取水应有专用的取水桶。有条件的地区可延伸现有的自来水供水管线。
3.对饮用水进行净化消毒 煮沸是十分有效的灭菌方法，在有燃料的地方仍可采用。在有条件时可采用过滤方法。但在洪涝灾害期间，最主要的饮用水消毒方法是采用消毒剂消毒。
4.加强供水设施消毒 被洪水淹没过的水源或供水设施重新启用前必须清理消毒，检查细菌学指标合格后方能启用。经水淹的井必须进行清淤、冲洗与消毒。先将水井掏干，清除淤泥，用清水冲洗井壁、井底，再掏尽污水，待水井自然渗水到正常水位后，按正常消毒方法消毒，即可投入正常使用。